Kasır, Haydarpaşa Has Bahçesi'nin içinde ve bugünkü Askeri Hastahane'nin sol tarafında ve yüksek bir yar üzerinde idi. Haydarpaşa Bahçesi, Selimiye Kışlası'nın sol tarafında, Kavak Deresi'nin biraz ilerisinden başlıyarak, Haydarpaşa Tren İstasyonu'nun sol tarafındaki tepenin eteklerine kadar uzanıyordu. Haydarpaşa Has Bahçesi ve Haydar Paşa'nın kimliği için Haydarpaşa Sahrası veya mesiresi bahsine bakınız. Askeri Hastahane'nin bulunduğu yerde ve Selimiye Kışlası'nın yapımından evvel, Sultan III. Selim tarafından, büyük bir tesadüf eseri olarak yine bir Haydar Paşa'ya, bir kışla yaptırılmıştı. Bu küçük ve ahşap olduğu sanılan kışla, 13 Recep 1207 (24 Şubat 1793) tarihinde kurulan 'Nizam-ı Cedid' askerleri için yaptırılmış ilk yapı idi. Nizam-ı Cedid askerleri sayısının giderek artması, Üsküdar'da yeni bir kışlanın yapılması ihtiyacını doğurmuş ve 1216 (1301-2) tarihinde ilk Selimiye Kışlası'nın inşasına başlanmıştı. Bu durumda Haydarpaşa Kışlası, Selimiye Kışlası'ndan 9 sene evvel yapılmış demektir. Haydarpaşa Kasrı işte bu kışlanın yanında idi. Sultan III. Selim devrinde, 1793 yılında, kışlanın yapımı sırasında yaptırıldığı rivayet olunan kasır, daha sonra Sultan II. Mahmut tarafından tamir edilmiştir. Tayyarzâde Atâ Efendi'nin beyanına göre bu saray, II. Mahmut (1808-1839) tarafından yaptırılmıştır. Fakat bahçenin Kanunî devrinde, Haydar Paşa'nın nezaretinde Mimar Sinan'a tanzim ettirildiği düşünülürse burada, III. Selim'den evvel de bir takım yapıların bulunması lâzımdır. Kışlanın yerine, Sultan Abdülmecit (1839- 1861) tarafından, 1261 (1845) tarihinde yeni bir hastahane yaptırılmıştır. Kasır, 1853-1856 Kırım Harbi sırasında yaralı ve hasta İngiliz subaylarına tahsis edilmiş, fakat bir müddet sonra bu subaylarca kasten yakılmıştır. Önündeki geniş bahçe de, İngiliz Mezarlığı haline getirilmiştir. Haydarpaşa Kasrı'na Tıbbiye Caddesi'ne açılan bir saray kapısından gidilirdi. Sarayın diğer kapıları gibi bu kapı da eski Bağdat Caddesi üzerinde idi. 1856 tarihinde yanan bu kasrın bugün temellerine dahi rastlamak mümkün değildir. Yalnız, yukarıda adı geçen kapının yanındaki has ahır kapısının (seyis kapısı) karşısındaki ahırlar, yüksek bacalı mutfak ve diğer müştemilât binaları 1940 tarihlerinde harap bir şekilde bulunuyordu. Türkiye'de Müşavir Paşa adı ile bilinen Tuğamiral A. Slade Türkiye ve Kırım Harbi isimli eserinde, bu kasırdan "Şehzade Köşkü" adıyla bahsetmektedir. Haydarpaşa Kasrı civarında bir de Haydarpaşa Sahilsarayı vardı. Bunu, Journal Voyage''ın 1884 tarihli nüshasındaki bir resimden öğreniyoruz. Resimde, Baloncu Komaşki'nin (Comasgi) balonunu uçurmak için hazırladığı görülmektedir. Balonun sağ tarafında, ön kısmı iki, arka kısmı üç katlı olan bir bina vardır. Balonun, Haydarpaşa Sahrası'nda ve Haydarpaşa Kasrı önünden uçurulduğu bilindiğine göre aynı yerde birbirine çok yakın iki kasır var demektir. Resim, Haydarpaşa Köprüsü tarafından çekildiği için deniz ve Sarayburnu görülmektedir. Bu durum karşısında sahilsarayın İngiliz Mezarlığı'nın girişi yanında ve yüksek yarın önünde bulunabileceği söylenebilir. Bu tarihte gar binası yapılmadığı için, deniz henüz doldurulmamıştı.