Mektep, Küçük Çamlıca Tepesi'nin güney eteklerinde ve 1309 (1891-92) yılında Şeyhülislâm Bodrumî Ömer LütŞ Efendi tarafından yaptırılan camiin karşısındadır. Bodrumî Ömer Efendi Camii bahsine bakınız. Yığma taştan yaptırılan mektep, 1311 (1893-94) yılında Ömer Efendi'nin eşi, Fatma Hanım tarafından inşa ettirilmiştir. Yapıldığı tarihten 1925 yılına kadar okul olarak kullanılmış ve sonra meşruta haline getirilmiştir. Mektebin sağ tarafında ve Bodrumî Camii Sokağı üzerindeki bir maslağın cephesi üzerine mektebin on mısralı kitâbesi yerleştirilmiştir ki, şudur:
Hazreti LütŞ Efendi kim odur
Şeyhülislâm ol eb-i fazl ü kemal
Zevce-i ismetpenâhı Fatıma
Hanım al saliha ve huri misal
Fî-sebîlillâh bu zîba mektebi
Eyledi inşa zehi Cennet misal
Padişahın ömrün efzûn ide Hakk
Hacı Hanım da ola mesrûr-i bâl
Cevherîn tarihi yazdım Re'fetâ
Dâr-i feyz ü mekteb-i zîba vü âl
1311
Kitâbe Şair Refet Efendi tarafından hazırlanmıştır. İbrahim Refet, 1834'de Diyarbakır'da doğdu. Tahsilini tamamladıktan sonra, Hamdi Paşa'ya intisab ederek İstanbul'a geldi. Paşa'nın Üsküdar'daki konağında hocalık etti. 1866'da Bâb-ı Âli Buharî hocalığına atandı. Üsküdar'da Valide-i Atik Camii Medresesi'nde ders verdi. 14 Cemaziyelâhir 1321 (7 Eylül 1903)'te vefat ederek Karacaahmet Me zarlığı'na gömüldü. Kabri, 1. Ada'da ve Vak'anüvis Asım Efendi Sofasındadır.